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Encoding:
Text File  |  1993-06-23  |  1.3 KB  |  49 lines
  1.                 ubiq model
  2.  
  3.     Data Files:
  4.  
  5.     The small protein ubiquitin solved in this laboratory 
  6.     was taken from the Protein Data Bank (code is "1UBQ").
  7.     The file was edited to remove all but the main reference and protein
  8.     atoms and named "ubiq.pdb".
  9.  
  10.  
  11.     A secondary structure assignment was made based on H-bonding:
  12.         pdb-pro-pdb ubiq.pdb ubiq.ss
  13.  
  14.     This file was then edited to replace the 'S' at the ends of
  15.     the sheets with an 'A' to produce "arrows" on the sheet.
  16.     The first residue was also changed, from "coil" to "sheet"
  17.     ( program doesn't know how to calculate N-terminal hydrogens ).
  18.  
  19.     The *.ribbons file consists of only one filename:
  20.         ls ubiq.ss > ubiq.ribbons
  21.  
  22.     This file was then edited to add a special color file, "protein.color".
  23.  
  24.     The *.coords file consists of only one filename:
  25.         ls ubiq.pdb > ubiq.coords
  26.  
  27.     The *.model file was generated:
  28.         pdb-model ubiq.pdb ubiq.model
  29.  
  30.     The protein ribbon model is now ready for display.
  31.  
  32.  
  33.  
  34.  
  35.     Image File:     ubiq.rgb
  36.  
  37.     The file ubiq.ss was edited to add arrows to the ss key.
  38.     The model was displayed with default settings on the Ribbon Panel
  39.     for everything except:
  40.         Sequence Color = "seq"
  41.         Sheet Style = "Square"
  42.         Helix Style = "Flat"
  43.         Coil Style = "Circle"
  44.         Helix Texture = "Sided"
  45.     The light source was moved to the left with the Color Panel.
  46.     The image was saved from the Geom Panel.
  47.  
  48.         11
  49.